为完成黄河流域生态环境保护的目标任务，《黄河流域生态环境保护规划》（以下简称《规划》）从组织领导、工程实施和投资支持三方面提出了保障措施。

一是强化组织领导。强化沿黄河9省区推进黄河流域生态环境保护的主体责任，完善省区负总责、市县抓落实的工作机制，建立健全跨省区、城市生态环境保护政府间联席会议制度与调度协调和重大工程推进机制。建立机制，加强对黄河流域生态环境保护工作的指导、调度和评估。

二是部署重点工程。从水、气、土、生态、固废等污染治理和生态保护修复方面，部署水环境保护与治理工程、重点行业大气污染治理工程、清洁取暖改造工程、移动源污染治理工程、土壤与地下水污染治理工程、生态保护修复工程、危险废物收集处置能力提升工程、医疗废物收集处置能力提升工程8类重点工程，推进《规划》任务落地。

三是推进多元投资。把《规划》确定的目标、任务、措施和重大工程纳入各省区相关规划和投资计划，做好生态环境保护治理项目储备，加大《规划》工程项目资金倾斜和要素保障力度，创新投融资机制，拓宽投融资渠道，发挥政府投资引导作用，引导金融机构加大对《规划》工程项目建设的金融支持，鼓励和引导民间资本参与黄河流域生态保护与污染治理。